Cette aventure se déroule sur Arete Island, une petite île au large de Spagonia, faisant partie des Fédérations Unis. Cette civilisation est aussi habitée par la Culture Sidh, descendant des alchimistes d'il y a 400 ans et qui se sont dissous après la mort de leur philsophe-roi.

Sonic, Tails et Amy ont été appellé par Gabriel Seraph, le gouverneur de l'île, qui est inquiet d'une résurgence de robot du Dr. Eggman sur l'île. Il a alors appellé à l'aide nos trois héros, dans le but de se débarasser des robots. Mais l'île est pleine de mystère : Sonic et ses amis ne pourront comprendre tout ce qui se passe dans l'île sans connaitre son passé, et celui de ses habitants.

Lore

• Le Philosophe Roi est l'ancien roi des alchimistes il y a 400 ans. C'est lui qui a organisé la guilde (qui s'est finalement effondrée), et qui s'est sacrifié il y a 400 ans
• La culture Sidh est la culture qui vit sur l'île depuis longtemps. Composé surtout de mobiens, elle a gagné en importance durant l'époque alchimique, mais aujourd'hui n'est plus trop utilisée. Plus qu'un peuple, c'est une sorte de culture auquelle les gens peut adhérer, une philosophie. Ils descendent des anciens alchimistes de l'île.

• Le Culte Stygien est un culte qui estime qu'il faut prendre contrôle de l'énergie stygienne, et que la culture Sidh refuse de revenir aux grands temps du Royaume et des alchimistes.
• La Styx est le nom donnée à la variante de l'énergie chaotique qui est présente dans toute l'île. Hautement corruptrice et volatile, elle est vu comme un danger. Elle provient de la faille Stygienne, une Faille Chaotique qui a été corrompu il y a 400 ans, causant la mort du Philosophe Roi
• Les Cristaux Stygien sont ce qui stabilise le Stygian Rift. Tails sait les restaurer. Ils sont au nombre de quatre et les stabiliser sera la quête principale de l'act 1.
• Les ??? Spark sont le résultat des expériences d'il y a 10 ans. La quête de Knuckles est de les collecter dans l'île, en mode chasse au trésor à la SA, et d'affronter dans chaque zone les créatures caus.