Knuckles est le gardien de la Master Emerald, ayant vécu en ermite depuis toujours sur Angel Island, l'ile flottante où la gemme mystique repose. Cet echidné prend son rôle au sérieux, et ne supporte pas que quiconque pose la main dessus. Dupé mainte fois par le passé, il est désormais plus prudent.
Cependant, un mal mystérieux s'est attaqué à la Master Emerald, la corrompant et la rendant instable. Guidée par un esprit, "Morrigan", le gardien a localisé la source de ce mal sur Sunlit Island. Serait-ce les expérimentation d'Eggman qui est la source de ce mal ? Knuckles est déterminé à élucidé ce mystère, et à sauver la Master Emerald.
> Note : ces capacités de terrain seront pour certaine possible à acquérir et utilisable après l'obtention de certains powerup, à la Sonic Adventure 1 ou 2